Học viện Hoàng Anh Gia Lai – Arsenal – JMG

Nguyễn Công Phượng đã bị trượt khi thi vào lò đào tạo bóng đá trẻ của câu lạc bộ bóng đá Sông Lam Nghệ An bởi thể hình quá nhỏ con.[7] Tưởng chừng như hy vọng trở thành cầu thủ chuyên nghiệp của Công Phượng đã chấm dứt thì cơ hội khác lại mở ra khi Phượng tình cờ nghe được thông tin tuyển sinh của học viện HAGL Arsenal JMG trên tivi. Thế gia gia đình đã phải gác lại ý định sửa nhà để dành dụm, thậm chí đã phải vay thêm tiền đưa con lên Gia Lai thử sức. Trải qua 1 vòng tuyển chọn gắt gao, Nguyễn Công Phượng là một trong các cầu thủ nhí được ghi danh vào Học viện bóng đá HAGL-Arsenal JMG khóa 1.[8]

Tháng 6 năm 2010, Nguyễn Công Phượng và Nguyễn Tuấn Anh là hai cầu thủ của Học viện bóng đá HAGL-Arsenal JMG được xuất ngoại tập huấn 15 ngày tại Mali.[9] Đây là chuyến tập huấn được học viên JMG toàn cầu tổ chức dành cho các học viên xuất sắc của các học viện thành viên.

Ngày 16 tháng 11 năm 2012, giám đốc kỹ thuật câu lạc bộ Arsenal Steve Morrow đã gửi quyết định triệu tập 4 cầu thủ Học viện bóng đá HAGL-Arsenal JMG là Nguyễn Tuấn Anh, Nguyễn Công Phượng, Lương Xuân Trường và Trần Hữu Đông Triều sang Trung tâm huấn luyện Arsenal tại Luân Đôn để tập luyện, thi đấu cọ xát cùng với các cầu thủ U-17 Arsenal.

Hoàng Anh Gia Lai

2015

Năm 2014, Nguyễn Công Phượng cùng lứa cầu thủ khóa một học viện Hoàng Anh Gia Lai – Arsenal – JMG được chủ tịch Đoàn Nguyên Đức đôn lên đá V-League 2015 trong màu áo câu lạc bộ bóng đá Hoàng Anh Gia Lai.[10]

Trong trận đấu đầu tiên của đội bóng mùa giải 2015 với đội bóng Sanna Khánh Hòa BVN, Nguyễn Công Phượng được cho đá chính ngay từ đầu. Trong trận đấu này, Nguyễn Công Phượng đã có được 2 bàn thắng.[11]

Nhưng trong những trận sau đó, Nguyễn Công Phượng và Hoàng Anh Gia Lai đã làm cho người hâm mộ khá thất vọng bởi tuổi đời còn quá non trẻ.[12][13]

Kết thúc mùa bóng, Nguyễn Công Phượng ghi được 6 bàn thắng, thi đấu hơn 2000 phút. Hoàng Anh Gia Lai may mắn trụ hạng khi đứng thứ 13/14 chung cuộc.[14]

Mito Holly Hock (2016)

Ngày 23 tháng 12 năm 2015 Nguyễn Công Phượng và đội bóng Mito Hollyhock (Nhật Bản) ký kết hợp đồng, theo đó Nguyễn Công Phượng sẽ khoác áo câu lạc bộ bóng đá Mito Hollyhock theo dạng cho mượn một năm tại J-League 2, với giá trị chuyển nhượng 100.000 USD. Tại đội bóng Mito Hollyhock anh sẽ mang áo số 16, số áo mà cầu thủ Hàn Quốc Park Joo-Ho đã từng mặc.[15]

Cầu thủ Nguyễn Công Phượng đã gia nhập Mito Hollyhock nhưng vì bị thương ở vai nên thời gian đến Nhật đã trễ hơn so với dự định ban đầu, chính vì vậy vẫn chưa hoàn tất thủ tục để tham gia các giải bóng đá tại Nhật Bản. Dự kiến là vào khoảng giữa tháng 3 sẽ hoàn tất mọi thủ tục.

Ngày 7 tháng 5 năm 2016, Nguyễn Công Phượng được có lần đầu tiên xuất hiện trong khoác áo Hollyhock khi anh vào sân thay thế cho cầu thủ Hosokawa Junya ở phút 87.[16]

Sau khi mùa giải J.League 2 năm 2016 kết thúc, Nguyễn Công Phượng trở lại thi đấu cho Hoàng Anh Gia Lai tại giải bóng đá vô địch quốc gia Việt Nam 2017

2017

2018

Đây là mùa giải mà Công Phượng thi đấu tốt nhất ở V-League khi đã ghi được 12 bàn thắng - trở thành chân sút số 1 của CLB, cùng với đó là sự bùng nổ trên hàng công của Đội bóng phố Núi khi đã ghi được đến 41 bàn thắng - chỉ kém đội vô địch là Hà Nội (73 bàn), thế nhưng những vấn đề về hàng thủ khi để lọt lưới đến 53 bàn đã khiến Hoàng Anh Gia Lai chỉ có thể đứng thứ 10 trên bảng xếp hạng. Công Phượng cũng có lần đầu lọt vào đội hình tiêu biểu của mùa giải.

Incheon United (2019)

Tháng 2 năm 2019, Nguyễn Công Phượng ký hợp đồng thi đấu một năm theo dạng cho mượn với đội bóng Hàn Quốc Incheon United.[17] Tuy nhiên, sau gần 4 tháng thi đấu ở K-League, Inchoen United đã đồng ý kết thúc hợp đồng sớm với Nguyễn Công Phượng theo nguyện vọng của anh.[18]

Sint-Truiden STVV (2019)

Công Phượng được đá chính trong trận giao hữu cuối cùng của Sint Truidense trước mùa giải mới khi Sint Truidense tiếp Lommel trên sân nhà (thua 1-2).[19] Anh khoác áo trận đấu chính thức của Sint-Truiden khi thua Brugge 0-6 ngày 2 tháng 8 năm 2019, thay người ở phút 70.Cho tới nay anh đã đá được thêm 1 trận cho đội trẻ khi STVV đá với Anderlecht và được tung vào sân trong hiệp thi đấu thứ 2.

CLB.TP Hồ Chí Minh (2020)

Công Phượng được CLB.TP Hồ Chí Minh mua lại nửa năm hợp đồng từ STVV, Sau đó được CLB này mua thêm 6 tháng tiếp theo. Ban đầu Công Phượng từ chối vì vẫn muốn ở lại Bỉ, thế nhưng nhờ những tác động của bầu Đức, Công Phượng được đưa về TP.HCM và thi đấu cho "Chiến hạm đỏ" tại mùa giải 2020.

Ngày 26 tháng 9 năm 2020, trong chiến thắng 5-1 trước Nam Định ở vòng 12 V-League, Công Phượng bị "tố" cố tình nhận đủ thẻ vàng để tránh gặp đội bóng chủ quản Hoàng Anh Gia Lai ở vòng 13, nhưng đó là tin đồn vô căn cứ khi đó mới chỉ là tấm thẻ vàng thứ 2 của Công Phượng ở mùa giải này (theo quy định thì phải nhận 3 thẻ vàng mới bị cấm thi đấu trận tiếp theo) và những điều khoản trong hợp đồng trước đó đã thỏa thuận rằng Công Phượng sẽ không được ra sân khi CLB TP. Hồ Chí Minh đối đầu Hoàng Anh Gia Lai theo yêu cầu của chính Bầu Đức.

Dù đạt phong độ cao trong màu áo CLB TPHCM, thế nhưng chấn thương trong trận gặp Nam Định đã khiến anh phải nghỉ thi đấu ở phần còn lại của V-League - một phần dẫn đến thành tích không ổn định của Chiến hạm đỏ trong giai đoạn 2, và CLB chỉ đứng ở vị trí thứ 5 khi mùa giải kết thúc

Trong 19 trận đấu cho CLB.TP HCM Công Phượng có cho mình 10 bàn thắng, trở thành cầu thủ hay nhất của CLB và có tên trong đội hình tiêu biểu V-League 2020

Mùa giải 2021

Sau một mùa giải khá thành công trong màu áo CLB TP.HCM khi là cầu thủ nội ghi bàn nhiều nhấu tại V-League 2020, Công Phượng được Bầu Đức và tân HLV của CLB - Kiatisuk Senamuang gọi trở về Hoàng Anh Gia Lai để chuẩn bị cho mùa giải mới. Trong sơ đồ 3-5-2 (hay đôi khi là 3-4-1-2) của HLV người Thái, Công Phượng được bố trí chơi tự do giữa hàng tiền vệ và tiền đạo. Anh có bàn thắng đầu tiên trong trận thắng 3-0 của CLB trước nhà Đương kim Vô địch Viettel ở vòng đấu thứ 5 bằng cú sút hiểm hóc giúp HAGL mở tỉ số. Sau đó, anh vẫn thi tương đối ổn định với thêm 5 bàn thắng, góp công không nhỏ giúp HAGL dẫn đầu BXH cho đến hết vòng 12.

Ngày 2 tháng 5, trong trận hòa 2-2 trước Becamex Bình Dương, Công Phượng phải nhận thẻ vàng sau một pha va chạm với cầu thủ Anh Tài bên phía đội khách - dù pha quay chậm cho thấy chính Anh Tài mới là người phạm lỗi, số 10 bên phía HAGL tỏ ra không hài lòng với quyết định của trọng tài và đã ném chai nước khiến tất cả ngỡ ngàng, nhiều người cho rằng đó là hành vi phi thể thao và cần có án phạt nguội dành cho Công Phượng - thế nhưng cựu trọng tài Dương Mạnh Hùng lại cho rằng:

"Tôi nhấn mạnh là không ủng hộ hành động của Công Phượng. Nhưng phạt nguội cầu thủ này thì phải có lý do thuyết phục. Chúng ta không thể cắt đi phần nguyên nhân để nhìn kết quả rồi tùy tiện phạt nguội Công Phượng. Trọng tài nhận định sai, phạt thẻ sai mới dẫn đến chuyện Công Phượng phản ứng. Một pha bóng bị đối phương phạm lỗi nhưng kết quả phải nhận thẻ vàng, Công Phượng ức chế là điều hoàn toàn có thể hiểu và thông cảm. Tôi không đồng ý với chuyện phải phạt nguội Công Phượng, bởi điều mấu chốt là trọng tài sai khi phạt Công Phượng, tiếp tục sai khi rút thẻ vàng".[20]

Sau đó VFF đã ra công văn nhắc nhở với Công Phượng và không có hình thức phạt nguội nào thêm, nhưng anh vẫn sẽ phải vắng mặt trong trận gặp Than Quảng Ninh ở vòng 13 do đã lãnh đủ 3 thẻ vàng.